3月12日，香港特别行政区政府发表新闻公报（港府公报），强烈反对近日欧盟委员会及欧盟外交与安全政策高级代表发表有关香港的报告的言论，并表示，绝不认同报告中对香港国安法的偏颇和无理的政治抹黑。
香港特别行政区政府公报指出，绝不认同报告中对《中华人民共和国香港特别行政区维护国家安全法》（香港国安法）的偏颇和无理的政治抹黑。国家安全属于中央事权，每个国家都有权利和义务维护其国家安全，无论该国家是实行单一体制还是联邦体制，国家安全立法都是由中央政府而非地方政府进行。制定具有域外效力的国家安全法律亦完全符合国际惯例，很多国家的国家安全法律亦有域外效力。欧盟对香港国安法的攻击明显是双重标准。香港国安法明确规定香港特区应当依法保护居民根据基本法、《公民权利和政治权利国际公约》和《经济、社会与文化权利的国际公约》适用于香港的有关规定享有的权利和自由。香港国安法规定的四类危害国家安全的罪行定义严谨，构成有关罪行的元素、刑罚、减刑因素和犯罪的其他后果已清楚订明。奉公守法的人士不会误堕法网。
港府公报认为，但亦必须指出，无人可凌驾于法律之上。任何行为，不论涉及行使有关权利与否，一旦牵涉暴力或违反法律，便是超越受宪制保障的界线。不论该人的背景，都要面对法律裁决。政见上的多元不等于可试图严重破坏政府依法履行职能。警方作出的拘捕是基于证据和严格按照法律进行。必须强调，没有人可以犯了法而不用面对法律后果。警方有法定职责维持公共安全和公共秩序。如果市民以和平合法的方式表达意见，警方根本不需要使用任何武力。警方有严格的武力使用指引，而有关指引与国际人权的规范和标准一致。自香港国安法落实以来，香港社会恢复稳定，国家安全在特区得到保障，市民可以继续依法享有其基本权利和自由，经济和民生（除疫症原因外）可重新发展。稳定的环境对于本地及驻港外国企业的商业活动均非常重要。
港府公报指出，报告质疑中央政府是否仍然贯彻落实“一国两制”，这是完全没有根据的指控。香港特别行政区是中华人民共和国不可分离的部分，是一个在“一国两制”下享有高度自治权、直辖于中央人民政府的地方行政区域。贯彻落实“一国两制”方针切合香港市民的利益，满足维持香港繁荣稳定的需要，以及符合国家的根本利益。中央人民政府一再表明会坚定不移地落实“一国两制”政策。
就押后立法会换届选举方面，市民的健康和福祉是任何负责任政府的首要考虑。特区政府已多次强调，押后2020年立法会换届选举完全是基于公共卫生考虑。根据全国人民代表大会常务委员会（全国人大常委会）于2020年8月11日作出的决定，香港特区第六届立法会继续履行职责，不少于一年，直至第七届立法会任期开始为止。决定并明确香港特区第七届立法会依法产生后，任期仍为四年。
港府公报不认同报告指四名立法会议员丧失议员资格的决定“削弱香港高度自治和对基本权利和自由的保障”。全国人大常委会于2020年11月11日就关于特区立法会议员资格问题作出决定，明确了特区立法会议员，因宣扬或者支持“港独”主张、拒绝承认国家对香港拥有并行使主权、寻求外国或者境外势力干预香港特别行政区事务，或者具有其他作出危害国家安全等行为，不符合拥护中华人民共和国香港特别行政区基本法、效忠中华人民共和国香港特别行政区的法定要求和条件，一经依法认定，即时丧失立法会议员的资格。该决定适用于在原定于2020年9月6日举行的香港特区第七届立法会选举提名期间，被香港特区依法裁定提名无效的第六届立法会议员。原定于2020年9月6日举行的香港特区第七届立法会选举，在提名期结束前被选举主任裁定提名无效，失去参选资格的四位第六届立法会议员，即时丧失立法会议员资格。全国人大常委会的决定是合宪、合法、合理的安排，是必要的，亦完全符合基本法的相关规定。
此外，港府公报表示，香港特别行政区的司法独立权是基本法规定的，亦受到基本法保障。正如基本法第二条、第十九条及第八十五条所订明，香港特别行政区享有司法权和终审权，法院独立进行审判，不受任何干涉。基本法第九十二条亦明文说明香港特别行政区的法官和其他司法人员，应根据其本人的司法和专业才能选用。法官的宪制职责是，在行使其司法权力时，以法律为依据，别无其他考虑。法官这项职责并不会因应对政治争议所引发的案件作出裁决，或案件涉及政治争议而有所改变。香港特区政府强调，任何人都不应干涉根据所有可接纳的证据、适用法律和《检控守则》进行客观分析后独立作出的检控决定，当中不涉及任何政治考虑。基本法第六十三条指出检控工作由香港特别行政区律政司主管，不受任何干涉。律政司在有充分可被法院接纳的证据，令案件有合理机会达致定罪的情况下，才会提出起诉。
