香港特区政府4月2日公布，由4月3日起，深圳湾口岸的旅客清关服务时间，更改为每日上午10时至晚上8时，直至另行通告。货物清关服务时间则不受影响，维持不变，即每日上午6时30分至午夜12时。
特区政府发言人表示，为应对新冠肺炎疫情，尽量减少跨境人流并集中资源做好口岸的防疫工作，特区政府与深圳市政府经商讨后同意缩短深圳湾口岸的旅客清关服务时间，货物清关服务时间则维持不变。
因应疫情的发展，特区政府自1月30日起先后暂停了12个陆路或海路口岸的旅客清关服务，只维持深圳湾口岸和港珠澳大桥香港口岸两个陆路口岸的旅客清关服务。
此外，自2月8日起所有从内地抵港或抵港前14天曾到访内地的人士须接受14天强制检疫安排，并在3月25日起要求所有从澳门抵港人士亦同样须接受14天强制检疫安排。
上述措施有效减少跨境人员流动和减低病毒传播的风险。截至4月1日，经深圳湾口岸出入境的人数为1392人，其中8成半为香港居民，出入境人数较上述措施生效前下跌97%。经港珠澳大桥香港口岸出入境的人数为141人，近8成为香港居民，出入境人数较上述措施生效前下跌99%。
各陆路口岸的货物清关服务一直维持正常。3月每日平均有8197架次货车入境香港（出境8186架次），较1月平均每天6838架次（出境6815架次）上升近20%。
